3
голосов
2ответов
6738 просмотров

BioPython: извлечение идентификаторов последовательностей из выходного файла Blast

У меня есть выходной файл BLAST в формате XML.Это 22 последовательности запросов, по каждой из которых сообщается по 50 совпадений.И я хочу извлечь все попадания 50x22.Это код, который у меня сейчас есть, но он извлекает только 50 совпадений из первого запроса. from Bio.Blast import NCBIXM bla...

5
голосов
1ответов
3068 просмотров

StAX - как установить для XMLInputFactory.IS_VALIDATING значение true?

Я впервые использую StAX для анализа XML-документов (все еще в стадии обучения). В процессе синтаксического анализа XML-документа с помощью XMLStreamReader и создания копии документа с помощью XMLStreamWriter я обнаружил следующее предупреждение, представленное в виде комментария в выводе средст...

8
голосов
2ответов
5146 просмотров

Java: как предотвратить абсолютизацию 'systemId' в EntityResolver # resolveEntity (String publicId, String systemId) в текущий рабочий каталог

Я хочу проанализировать следующий XML-документ, чтобы разрешить в нем все сущности: <!DOCTYPE doc SYSTEM 'mydoc.dtd'> <doc>&title;</doc> My EntityResolver должен получить внешний объект с заданным идентификатором системы из базы данных, а затем выполнить разрешение...

0
голосов
2ответов
285 просмотров

Как создать * точную * копию XML-документа с разрешенными сущностями

Для XML-документа, подобного этому: <!DOCTYPE doc SYSTEM 'http://www.blabla.com/mydoc.dtd'> <author>john</author> <doc> <title>&title;</title> </doc> Я хотел проанализировать указанный выше XML-документ и сгенерировать его копию со вс...

1
голосов
2ответов
1544 просмотров

get text between <tags>in php</tags>

Currently i am using and have looked through this code http://us.php.net/manual/en/function.xml-set-element-handler.php#85970 How do i get the text between tags? i am using php5 and XML Parser

3
голосов
2ответов
2242 просмотров

Cannot parse poorly formed XML

I've been trying to parse this feed. If you click on that link, you'll notice that it can't even parse it correctly in the browser. Anyway, my hosting service won't let me use simplexml_load_file, so I've been using cURL to get it then loading the string into the DOM, like this: $dom = new DOMD...

1
голосов
1ответов
617 просмотров

is it possible to reuse appdelegate in applicationDidFinishLaunching?

I am developing a tab bar application. I have five tabs in it. For each tab i have separate navigation controller. For each tab's table View I want to load data from a web service. I can do so for one tab by making a separate xmlparser class initializing it with appdelegate then call it in th...

0
голосов
2ответов
1693 просмотров

Umlaut in Java SAX Parser

I am currently having trouble with German umlaut values in a XML document I received. It displays / saves the value as a "ü" instead of a "ü". The XML Encoding is set to UTF-8 which should be capable of displaying umlauts. Also I couldn't find any option to set a locale on the SAX parser. Is...

2
голосов
3ответов
1467 просмотров

which is the most efficient XML Parser for C++?

I need to write an application that fetches element name value (time-series data) pair from any xml source, be it file, web server, any other server. the application would consume the XML and take out values of interest, it has to be very very fast (lets say 50000 events/seconds or more) also the...

2
голосов
4ответов
12330 просмотров

How to load XML when PHP can't indicate the right encoding?

I'm trying to load an XML source from a remote location, so i have no control of the formatting. Unfortunately the XML file I'm trying to load has no encoding: &lt;ROOT xmlns:sql="urn:schemas-microsoft-com:xml-sql"&gt; &lt;NODE&gt; &lt;/NODE&gt; &lt;/ROOT&gt; When trying something like: $doc ...

1
голосов
1ответов
569 просмотров

iPhone help on using XMLParser and UI while waiting for results

can someone provide a little guidance on the best way to handle iPhone UI and processing while parsing a SOAP message? Here is the context: I have an app that allows a user to select a car (from a list of cars) they are interested in viewing. When they pick a car, I push a carDetails viewcont...

5
голосов
2ответов
5681 просмотров

How can I get Nokogiri to parse and return an XML document?

Here's a sample of some oddness: #!/usr/bin/ruby require 'rubygems' require 'open-uri' require 'nokogiri' print "without read: ", Nokogiri(open('http://weblog.rubyonrails.org/')).class, "\n" print "with read: ", Nokogiri(open('http://weblog.rubyonrails.org/').read).class, "\n" Running thi...

0
голосов
1ответов
593 просмотров

getting my dictionary tree from my xmlparser class.. to my drilldowntableappdelegate file

I seem to have a probably newbie problem but here it is. How do I get my dictionary from my parser class , which has building a tree for a drill down table back to my drilldowntabledelegate class. my app looks something like this. @implementation DrillDownAppAppDelegate @synthesize window; ...

4
голосов
4ответов
1105 просмотров

How will a browser differentiate between XHTML 1.0 and XHTML 5?

By my understanding, neither XHTML (1.0, 1.1) nor XHTML 5 required a DTD. If this is true, how will a browser differentiate between the two? I can only assume that when the browser vendors support (X)HTML 5, all XHTML will be interpreted under XHTML 5 rules (assuming XHTML 5 is a superset of XHT...

4
голосов
2ответов
3537 просмотров

Javascript XML Parser

We've sets of webservices and we have to make request on clientside (sending request to getting response in a jason format, and parsing XML document through - having XSLT support would be great). We need a Javascript library which will be independently responsible to all the above work and shoul...

16
голосов
2ответов
34742 просмотров

jQuery XML Parsing / Traversing

У меня есть следующий XML- &lt;rows&gt; &lt;row id="5"&gt; &lt;cell&gt;Item1&lt;/cell&gt; &lt;attrs&gt; &lt;attr&gt; &lt;id&gt;1&lt;/id&gt; &lt;type&gt;CheckBox&lt;/type&gt; &lt;values&gt; &lt;value&gt; &lt;id&gt;10&lt;/id&gt; &lt;/v...

7
голосов
6ответов
5989 просмотров

Разбирать искаженный XML

Я пытаюсь загрузить фрагмент (возможно) искаженного HTML в объект XMLDocument, но это не удается с XMLExceptions ... поскольку есть дополнительные открывающие / закрывающие теги и искаженные теги XML, такие как &lt;img &gt; вместо &lt;img /&gt; Как заставить XML анализировать все ошибки в дан...

4
голосов
3ответов
2225 просмотров

Скорость и парсинг XML в .NET - сериализация против XML DOM против?

Раньше я занимался синтаксическим анализом XML, но никогда в массовом порядке. Если я работаю со многими документами, похожими на этот формат: &lt;?xml version="1.0" ?&gt; &lt;items comment="something..."&gt; &lt;uid&gt;6523453&lt;/uid&gt; &lt;uid&gt;94593453&lt;/uid&gt; &lt;/items&gt; ...

24
голосов
13ответов
15756 просмотров

Лучший способ обнаружить XML?

В настоящее время у меня есть следующий код C # для извлечения значения из текста. Если это XML, мне нужно значение внутри него - иначе, если это не XML, он может просто вернуть сам текст. String data = "..." try { return XElement.Parse(data).Value; } catch (System.Xml.XmlException) { ...

1
голосов
2ответов
333 просмотров

TransformerFactory в BlackBerry?

Как использовать TransformerFactory в BlackBerry для создания XML? В Java есть метод TransformerFactory. Но BalackBerry этого не делает.

2
голосов
4ответов
24713 просмотров

Как преобразовать XML в объект значения Java?

Какие существуют библиотеки с открытым исходным кодом для преобразования XML в объект значения Java? В .Net есть способ легко сделать это с помощью сериализации и атрибутов xml. Я бы предположил, что есть какая-то параллель в java. Я знаю, как это сделать с помощью парсера DOM или SAX, но мне...

0
голосов
2ответов
1098 просмотров

Парсер MSXML в Java

Наше приложение написано на VC ++, и мы используем MSXML для анализа. Теперь мы хотим передать объект документа MSXML из нашего приложения в приложение Java для обработки. Как я могу этого добиться? Поддерживает ли Java (Swing) объекты MSXML или MSXML? Мы используем парсер DOM. Любая помощь п...

0
голосов
1ответов
472 просмотров

Использование XOM с NetBeans

Я пытаюсь установить XOM, чтобы использовать его в своих приложениях Java. Единственная проблема в том, что я не знаю, где его разместить, чтобы NetBeans мог его найти. Было бы разумно разместить его там, где находятся другие файлы .classes, но я тоже не могу их найти. В файле README для XOM ...

5
голосов
2ответов
28257 просмотров

Получение данных xml с помощью парсера xml expat

Мне удалось разобрать нормально. Но теперь у меня проблемы с получением значений что мне нужно. Я могу получить элемент и атрибуты. Но не могу получить значения. Я хотел бы получить значение frame в этом xml, это 20. /* track the current level in the xml tree */ static int depth = 0; /* first...

0
голосов
4ответов
2335 просмотров

Что такое анализатор XML? Использование Expat

Это может показаться простым вопросом. Но я искал синтаксический анализатор XML для использования в одном из моих приложений, работающих в Linux. Я использую Expat и проанализировал свой XML-файл, прочитав один дюйм. Однако вывод такой же, как и ввод. Это мой файл, который я читаю: ...

91
голосов
4ответов
55454 просмотров

Разрешены ли разрывы строк в значениях атрибутов XML?

Я понимаю, что это неуместно и нежелательно, но разрешено ли (в правильно сформированном XML), чтобы значение атрибута в элементе XML занимало несколько строк? например &lt;some-xml-element value="this value goes over.... multiple lines!" /&gt; Да, я понимаю, что есть способы написать ...

32
голосов
3ответов
18119 просмотров

Разработка для iPhone - XMLParser против libxml2 против TouchXML

Я не могу найти сравнение этих методов синтаксического анализа. Какой из них используется чаще всего? С уважением. Мустафа

4
голосов
2ответов
5164 просмотров

Как мне распечатать отличный узел с сохраненным пространством имен?

Когда я использую этот код для вывода некоторого XML, я анализировал (и изменял) с помощью XmlParser XmlParser parser = new XmlParser() def root = parser.parseText(feedUrl.toURL().text) def writer = new StringWriter() new XmlNodePrinter(new PrintWriter(writer)).print(root) println writer.toSt...

-1
голосов
1ответов
216 просмотров

стандартные синтаксические анализаторы XML быстрее, чем другие пользовательские письменные синтаксические анализаторы?

Являются ли анализаторы XML (предоставляемые стандартными библиотеками) быстрее, чем синтаксические анализаторы, написанные пользователем? Если да, то почему?

148
голосов
6ответов
185254 просмотров

Лучший XML-парсер для PHP

Я использовал XML Parser раньше, и, хотя он работал нормально, в целом он меня не устраивал, мне казалось, что я использую обходные пути для вещей, которые должны быть базовой функциональностью. Я недавно видел SimpleXML, но еще не пробовал. А что проще? Какие преимущества и недостатки есть у...